コード例 #1
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ファイル: MotifEnum.php プロジェクト: szimmer1/labapp
 /**
  * Find all k-mer motifs - input dna,k,d - output
  * @param array $lines
  * @return array
  */
 public function compute(array $lines)
 {
     list($k, $d) = array_map(function ($val) {
         return (int) $val;
     }, explode(' ', $lines[0]));
     $strings = [];
     $l = count($lines);
     for ($i = 1; $i < $l; $i++) {
         if (!empty($lines[$i])) {
             array_push($strings, $lines[$i]);
         }
     }
     $motifs = [];
     for ($i = 0; $i < strlen($strings[0]) - $k + 1; $i++) {
         $patt = substr($strings[0], $i, $k);
         $neighbors = BioUtil::neighbors($patt, $d);
         foreach ($neighbors as $nb) {
             if (Arrays::matches($strings, function ($str) use($nb, $d) {
                 return BioUtil::approximate_frequency($str, $nb, $d, true) > 0;
             }) && !Arrays::contains($motifs, $nb)) {
                 array_push($motifs, $nb);
             }
         }
     }
     return $motifs;
 }
コード例 #2
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ファイル: BioUtils.php プロジェクト: szimmer1/labapp
 public static function approximate_frequency($genome, $pattern, $d, $count = false)
 {
     $res = $count ? 0 : [];
     for ($i = 0; $i < strlen($genome) - strlen($pattern) + 1; $i++) {
         $subseq = substr($genome, $i, strlen($pattern));
         if (BioUtil::hamming_distance($pattern, $subseq) <= $d) {
             if ($count) {
                 $res++;
             } else {
                 array_push($res, $i);
             }
         }
     }
     return $res;
 }