PHP PatternCount Exemples

Exemple #1

Fichier : PatternCount.php Projet : nekhbet/bioinformatics

<?php

require __DIR__ . '/../../_common.php';
echo PatternCount('ACTGTACGATGATGTGTGTCAAAG', 'TGT');

Exemple #2

Fichier : _common.php Projet : nekhbet/bioinformatics

function ProbabilitiesPatternsString($k, $alphabet_of_A_letters, $Pattern, $times)
{
    // Pr(4, 2, 01, 1) = 11/16 while Pr(4, 2, 11, 1) = 1/2
    // Generate all values
    $limit = pow($alphabet_of_A_letters, $k);
    $ok = 0;
    for ($i = 0; $i < $limit; $i++) {
        $j = NumberToPatternOptimizedBinary($i, $k);
        // Is it a solution or not?
        if (PatternCount($j, $Pattern) >= $times) {
            $ok++;
        }
        // echo $j.'-'.PatternCount($j, $Pattern).'<br>';
        // $results[$j] = $results[$j] + 1;
        //echo '<hr>';
    }
    echo $ok . '--';
    return 1.0 * ($ok / $limit);
}